Версия для слабовидящих
Научно-исследовательский комплекс «Нанобиотехнологии» Институт биомедицинских систем и биотехнологий
Версия для слабовидящих
Конференции

Конференции

2024

  • 9й Форум молодых учёных стран БРИКС, г. Сочи, Россия, 25-29 ноября 2024

Морозова Н.Е., Устный доклад на тему «Bacterial Defense Systems and Their Application for in vitro Diagnostics»

  • "Политех наукам о жизни", Санкт-Петербург, Россия, 22-25 октября 2024 

Рощектаева В.Д., Нестеренко В.А., Ходорковский М.А., Морозова Н.Е., Устный доклад на тему "Связывание с ДНК белков RecN и RecA E. coli"

  • "Политех наукам о жизни", Санкт-Петербург, Россия, 22-25 октября 2024

Нестеренко В.А., Рощектаева В.Д., Ходорковский М.А., Морозова Н.Е., Устный доклад на тему "Локализация белка RecN и его роль в механизме регуляции SOS-ответа в клетках E. coli"

Svetlana Kozlova, Natalia Morozova, Yaroslav Ispolatov, Konstantin Severinov, Устный доклад на тему «Универсальная диагностическая платформа на основе технологий CRISPR-Cas и изотермической амплификации»

  • XXIII Зимняя молодежная школа по биофизике и молекулярной биологии, Репино, 26 февраля – 2 марта 2024 г.

Малинникова Л.Н., Морозова Н.Е., Ходорковский М.А., Влияние копийности системы рестрикции-модификации CfrBI на защиту клеток Escherichia coli от вирусной инфекции фага λ

  • V Всероссийская конференция молодых учёных "Вирусные инфекции - от диагностики к клинике", НИИ Гриппа, Санкт-Петербург, Россия, 11-12 апреля 2024

Ведяйкин А.Д., Алексеев А.А., Арсениев А.Н, Воробьёва В.Д., Бирало Н.В., Кунгурова Л.А., Мельников А.С., Сердобинцев П.Ю., Курдюмова И.В., Криворучко А.Б., Ходорковский М.А., Морозова Н.Е. Устный доклад:  «Реакция изотермической амплификации РПА,как важный компонент быстрой и точной диагностической системы для выявления инфекционных заболеваний различной природы»

  • БиоТех-2024, Санкт-Петербург, Россия, 17-19 апреля 2024

1. Д. Ю. Орёл, В. А. Нестеренко, М. А. Афанасьева, Л.Н. Малинникова, Н.Е. Морозова, МОДИФИКАЦИЯ БАКТЕРИОФАГОВ ДЛЯ ИЗУЧЕНИЯ МЕХАНИЗМОВ РАБОТЫ ЗАЩИТНЫХ СИСТЕМ БАКТЕРИЙ ОТ ВИРУСОВ (устный доклад)

2. А.О. Причепа,  Л. Н. Малинникова, Н.Е. Морозова, ВЛИЯНИЕ КОЛИЧЕСТВА САЙТОВ РЕСТРИКЦИИ НА ЭФФЕКТИВНОСТЬ РАБОТЫ РМ СИСТЕМ (устный доклад)

  • Beyond the Z-ring, Alcobasa, Portugal, 14-17 May 2024

1. Natalia Rumyantseva, Daria Golofeeva, Alexey Vedyaykin, Michael Khodorkovskii, Influence of the SulA protein on bacterial division during the SOS response, Archaeal and Bacterial cell division

2. Alexey Vedyaykin, Natalia Rumyantseva, Daria Golofeeva, Aizilya Khasanova, Michael Khodorkovskii, The mechanisms of minimal bacterial cell division,  Archaeal and Bacterial cell division. Beyond the Z-ring, Alcobasa, Portugal, 14-17 May 2024

 

2023

  • III ВСЕРОССИЙСКАЯ НАУЧНО-ПРАКТИЧЕСКАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ ДЛЯ МОЛОДЫХ УЧЕНЫХ «БИОТЕХНОЛОГИИ И БЕЗОПАСНОСТЬ В ТЕХНОСФЕРЕ» 11-12 апреля 2023 года.

Е.А. Дроздова, М.В. Якунина, Д.А. Антонова, Влияние белка Gp20 бактериофага phiKZ на жизнедеятельность бактериальный клеток

Якунина МВ - приглашенный лектор: The early stage of bacteriophage phiKZ infection development. Язык конференции – английский. 

  • 4-ый Российский Микробиологический Конгресс, Томск, 2023

А. Туми, Д.А. Антонова, А.С. Ничипоренко, В.А. Касьянов, М. Дмитриева, И.В. Курдюмова, М.В. Якунина, ИССЛЕДОВАНИЕ ВЛИЯНИЯ РАННИХ БЕЛКОВ БАКТЕРИОФАГА PHIKZ НА ДИНАМИКУ РОСТА БАКТЕРИЙ 

  • Всероссийская научная очно-заочная конференция для студентов, аспирантов и молодых ученых. Санкт-Петербург, 2023

Марьям Д., Касьянов В.А., Курдюмова И.В., Якунина М.В. ИССЛЕДОВАНИЕ РАННИХ ГЕНОВ БАКТЕРИОФАГА PHIKZ

  • VI Инновационный Петербургский медицинский форум «Медицина 2023 – наука, инновации и практика», 18-20 мая 2023, ФГБУ «НМИЦ им. В. А. Алмазова», Санкт-Петербург, Россия

Морозова Н.Е., Потысьева А.С. , Ведяйкин А.Д., Арсениев А.Н., Мельников А.С., Сердобинцев П.Ю., Курдюмова И.В., Криворучко А.Б., Якунина М.В., Ходорковский М.А. Устный доклад "Создание медицинской диагностической системы на основе технологии CRISP-Cas"

  • IV Всероссийская конференция молодых учёных "Вирусные инфекции - от диагностики к клинике", НИИ Гриппа, Санкт-Петербург, Россия, 13-14 апреля 2023

Морозова Н.Е., Потысьева А.С. , Ведяйкин А.Д., Арсениев А.Н., Мельников А.С., Сердобинцев П.Ю., Курдюмова И.В., Криворучко А.Б., Якунина М.В., Ходорковский М.А. Устный доклад "Разработка универсальной диагностической платформы на основе изотермической амплификации и технологий CRISPR-Cas" 

  • Всероссийская конференция «От микробиологии к генетическим технологиям»  22–25 сентября 2023 г., Новосибирск, Россия

Устный доклад, "Белок деления FtsZ как перспективная мишень для антибиотиков"

  • 26-ая Пущинская школа-конференция молодых ученых «Биология – наука XXI века», 10-13 апреля 2023 г., Россия

1. Румянцева Наталья Антоновна, устный доклад "Роль систем позиционирования в регуляции Z-кольца при восстановлении деления после SOS-ответа у бактерий Escherichia coli"

2. Голофеева Дарья Максимовна, стендовый доклад “Применение двугибридной системы для оценки взаимодействий белков деления Escherichia coli при SOS-ответе”

  • Конференция «Геномика, метагеномика и молекулярная биология микроорганизмов», 23-24 сентября 2023 г., Россия

1. Румянцева Наталья Антоновна, cтендовый доклад “Способность белка SulA к димеризации и его влияние на взаимодействие FtsZ с белками-партнерами” 

2. Хасанова Айзиля Айратовна, стендовый доклад “Определение взаимодействий между белками деления Acholeplasma laidlawii и Mycoplasma gallisepticum при помощи двугибридной системы”

  • XXII Зимняя молодежная школа по биофизике и молекулярной биологии, Репино, 27 февраля – 4 марта 2023 г.

1. Морозова Н.Е., Кириллов А.А., Ходорковский М.А., Относительные количества метилтрансферазы и эндонуклеазы рестрикции системы рестрикции-модификавции влияют на эффективность защиты от бактериофага

2. Румянцева Наталья Антоновна, стендовый доклад “Регуляция белка FtsZ во время SOS-ответа в бактериях Escherichia coli”

3. Голофеева Дарья Максимовна, стендовый доклад, “Выяснение свойств белков FtsZ микоплазм”

4. Ведяйкин А.Д., устный доклад, «Делись, бактерия, большая и маленькая!»

5. Потысьева А. С., Арсениев А. Н., Мельников А. С., Сердобинцев П. Ю., Ходорковский М. А. Стендовый доклад, Детектирование специфических последовательностей ДНК на основе коллатеральной активности системы CRISPR Cas12a 

  • Всероссийская конференция «От микробиологии к генетическим технологиям», Новосибирск, 22–25 сентября 2023 г.

Кириллов А.А., Малинникова Л.Н., Гибхардт Й., Ходорковский М.А., Морозова Н.Е., Влияние соотношения белков двух различных систем рестрикции-модификации на защиту бактерий от вируса

  • III ВСЕРОССИЙСКАЯ НАУЧНО-ПРАКТИЧЕСКАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ ДЛЯ СТУДЕНТОВ, АСПИРАНТОВ И МОЛОДЫХ УЧЕНЫХ ПОЛИТЕХ НАУКАМ О ЖИЗНИ, 24 – 27 ОКТЯБРЯ 2023 г., СПбПУ, Санкт-Петербург

Рощектаева В.Д., Ходорковский М.А., Морозова Н.Е., Локализация и связывание с ДНК белка RecN E. сoli

 

2022

  • 5-ая Пущинская школа-конференция молодых ученых «Биология – наука XXI века», 18-22 апреля 2022 г., РоссияГолофеева Д.М., Румянцева Н.А., Ведяйкин А.Д., стендовый доклад "СОЗДАНИЕ ШТАММОВ ESCHERICHIA COLI С ДЕЛЕЦИЯМИ ГЕНОВ SLMA, MINC, TOLC"

Румянцева Н.А.,  Голофеева Д.М., Ведяйкин А.Д.,   стендовый доклад "РЕГУЛЯЦИЯ ДЕЛЕНИЯ ESCHERICHIA COLI В ПРОЦЕССЕ SOS-ОТВЕТА"

  • VII СЪЕЗД БИОХИМИКОВ, МОЛЕКУЛЯРНЫХ БИОЛОГОВ И ФИЗИОЛОГОВ РОССИИ, Сочи, 3-7 октября 2022

1. Голофеева Д.М., Румянцева Н.А.,  Ходорковский М.А., Вишняков И.Е., Ведяйкин А.Д., стендовый доклад "Роль Min-системы в восстановлении сегрегации ДНК и клеточного деления по окончании SOS-ответа Escherichia coli"

2. Румянцева Н.А., Голофеева Д.М., Пономарёва Е.В., Ходорковский М.А., Вишняков И.Е., Ведяйкин А.Д., стендовый доклад “Определение критической концентрации белка FtsZ микоплазм”

  • VIII Молодёжная Школа-Конференция по молекулярной биологии и генетическим технологиям Института цитологии РАН, Санкт-Петербург, 11-14 октября 2022

Румянцева Н.А., Беленькая Д.Г., Голофеева Д.М., Вишняков И.Е., Ведяйкин А.Д., устный доклад “СВОЙСТВА БЕЛКОВ, ПРЕДПОЛОЖИТЕЛЬНО УЧАСТВУЮЩИХ В ДЕЛЕНИИ UREAPLASMA PARVUM”

  • Конференция LifeSciencePolytech, 17-19 ноября 2022 г., Россия

1. Голофеева Д.М., Румянцева Н.А., Вишняков И.Е., Ведяйкин А.Д.,устный доклад, " Визуализация структур FtsZ в состоянии SOS-ответа при помощи экспансионной микроскопии

2. Шутов В.М., Д.Г. Беленькая, А.Д. Ведяйкин, устный доклад, "Экспрессия и выделение белков FtsK, SMC, UPA3_RS02030, UPA3_RS01765 U. Parvum"

3. Голофеева Д.М., Румянцева Н.А., Ведяйкин А.Д., Россия, устный доклад, "ОЦЕНКА ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ БЕЛКОВ ДЕЛЕНИЯ Escherichia coli ПРИ SOS-ОТВЕТЕ"

  • Конференция Bacterial cell biophysics: DNA replication, growth, division, size and shape, 10-16 декабря 2022 г., Израиль

1. Ведяйкин А.Д., Румянцева Н.А.,  Голофеева Д.М., Вишняков И.Е., стендовый доклад "Some properties of FtsZ proteins of Acholeplasma laidlawii and Mycoplasma gallisepticum"

2. Румянцева Н.А.,  Голофеева Д.М., Ведяйкин А.Д., стендовый доклад "SulA inhibits the cell division in Escherichia coli by a mechanism different from sequestration"

  • FEBS OPEN BIO 2022

M Antipova, V Kulikova, A Kropotov, A Yakimov, K Nerinovski, A Nikiforov. The role of NAD biosynthesis in maintaining pluripotency and differentiation of mouse embryonic stem cells (FEBS OPEN BIO 2022 vol 12 , pp 300-301)

  • Проблема антибиотикоустойчивости микроорганизмов и пути ее решения, Санкт-Петербург, Россия, 16-17 Июня 2022

1. Якимов А.П. (СПбПУ, Санкт-Петербург) БОРЬБА С АНТИБИОТИКОУСТОЙЧИВОСТЬЮ ПУТЁМ ИНГИБИРОВАНИЯ SOS-ОТВЕТА

2. Беленькая Д.Г., Румянцева Н.А., Голофеева Д.М., Вишняков И.Е., Ведяйкин А.Д., устный доклад “Определение свойств белка SMC Ureaplasma parvum”.

3. О. А. Котовская, Д.А. Антонова, Н. Е. Морозова. ВЛИЯНИЕ КОЛИЧЕСТВА РЕГУЛЯТОРНОГО БЕЛКА В КЛЕТКАХ С СИСТЕМОЙ РЕСТРИКЦИИ-МОДИФИКАЦИИ II ТИПА НА ЭФФЕКТИВНОСТЬ ЗАЩИТЫ ОТ БАКТЕРИОФАГА

 

2021

  • Международный молодежный научный форум «ЛОМОНОСОВ-2021»

Антонова Д.А., Белоусова В.В., Орехова М.М., Якунина М.В., Использование флуоресцентной микроскопии в исследовании заражения клеток бактериофагом phiKZ

  • Online conference “Helicases and Nucleic Acid-Based Machines: Structure, Mechanism and Regulation and Roles in Human Disease”, July 2021, 6-9

Nikita Vaulin, Anna Shiriaeva , Ekaterina Semenova, Konstantin Severinov, Motif I of the Cas3 SF2 helicase domain regulates directionality of Cas3 movement during CRISPR interference and primed adaptation

  • 45th FEBS Congress, Molecules of Life: Towards New Horizons, Ljubljana, Slovenia, July 3–8, 2021

1. Maikova, N. BerezenkovaI, J. Peltier, K. Severinov, O. Soutourina. Clostridioides difficile CRISPR-Cas regulation by biofilm-related secondary messenger c-di-GMP

2. M. Orekhova, , I. Vishnyakov, , D. Antonova,  V. Belousova, I. Kurdyumova, T. Artamonova,  M. Yakunina, The nucleus-like shell takes part in the regulation of the phiKZ bacteriophage genome transcription

3. Vedyaykin, N. Rumyantseva, E. Ponomareva, I. Vishnyakov, M. Khodorkovskii, Identification of genes presumably involved in cell division of Ureaplasma parvum

  • CRISPR 2021 – international conference, 1-10 июня, Paris, on line

1. P. Selkova, A. Vasileva, O. Musharova, M. Kazalov, M. Khodorkovskii, K. Severinov, I. Fedorova, Position of Deltaproteobacteria Cas12e nuclease cleavage sites depends on spacer length of guide RNA

2. Arseniev A, Fedorova I, Selkova P, Pobegalov G, Goryanin I, Vasileva A, Musharova O, Abramova M, Kazalov M, Zyubko T, Artamonova T, Artamonova D, Shmakov S, Khodorkovskii M, Severinov K, Characterization of Clostridium cellulolyticum  Type II-C CRISPR–Cas system

  • Международная конференция ФизикА.СПб, 18–22 октября 2021

1. Кириллов А. А., Морозова Н. Е., Ходорковский М.А., Северинов К.В., Влияние копийности компонент системы рестрикциимодификации II типа на бактериальную защиту

2. Сердаков М.Д., Алексеев А.А., Побегалов Г.Е., Якимов А.П., Байтин Д.М., Ходорковский М.А., Конформационные переходы филамента RecA на однонитевой ДНК в присутствии белка RecX

  • 3-й Российский микробиологический конгресс, Псков, 26 сентября - 1 октября 2021

Майкова А. Роль системы CRISPR-Cas при образовании биопленок и адаптации к стрессам у патогенной бактерии Clostridioides difficile

  • VIII Международная научно-практическая конференция молодых ученых в рамках площадки открытых коммуникаций OpenBIO, наукоград Кольцово, 5-7 октября 2021

Майкова А., Березенкова Н. Регуляция системы  CRISPR-Cas патогенной бактерии Clostridioides difficile в условиях образования биопленок

  • VIII Международная научно-практическая конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов

Алексеев А.А., Знобищева Е.А., Побегалов Г.Е., Якимов А.П., Байтин Д.М., Ходорковский М.А., Изучение механизмов регуляции нуклеопротеиновых филаментов RecA белком RecX методом оптического захвата (VIII Международная научно-практическая конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов — 2021: Cб. тез. / АНО «Иннов. центр Кольцово». — Новосибирск : ИПЦ НГУ, 2021. — 424 с)

  • RAP Conference

M. Svetlova, L. Solovjeva, V. Kulikova, K. Nerinovski, A. Yakimov, A. Nikiforov. The influence of modulation of intracellular NAD biosynthesis on the efficiency of DNA double-strand break repair in cultivated human cells after ionizing radiation exposure (RAP Conference Proceedings. 2021. Vol. 6, RAP21-279)  

  • FASEB SRC “NAD+ Metabolism & Signaling” (June 15 - 16, 2021, virtual

A. Nikiforov, V. Kulikova, A. Yakimov, K. Nerinovski, M. Svetlova, L. Solovjeva, J. Sudnitsyna, M. E. Migaud, S. Gambaryan, M. Ziegler, A. Kropotov. Purine nucleoside phosphorylase controls nicotinamide riboside metabolism in mammalian cells

  • VII Пущинская школа-конференция «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов», 6-9 декабря 2021

Ваулин Н.С., Ширяева А.А., Северинов К.В. Замена K320N в хеликазном домене Cas3 влияет на выбор спейсеров в ходе праймированной адаптации и на эффективность интерференции в системе CRISPR-Cas I-E Escherichia coli

  • VIII Всероссийский молодёжный научный форум "OpenScience 2021”, 17-19 ноября 2021, Гатчина

1. О. А. Котовская, А.А. Кириллов, Н. Е. Морозова. Исследование влияния количества регуляторного белка на эффективность защиты клеток с системой рестрикции-модификации II типа Esp1396I 

2. Казалов М.А.,  Федорова Я.В. "Изучение белков TnpB транспозонов  семейства IS605 из Escherichia coli и Deinococcus radiodurans" 

3. Ваулин Н.С., Ширяева А.А., Северинов К.В. Изучение роли хеликазной активности Cas3 в праймированной адаптации в системе CRISPR-Cas I-E Escherichia coli

  • Физика – наукам о жизни, Четвёртая международная конференция со школой молодых учёных, 11–14 октября 2021

Панфилов М.А., Арсениев А.Н.,  Ходорковский М.А.  Исследование ингибирования стрептолидигином транскрипции на уровне одиночных молекул (Физика – наукам о жизни, Четвёртая международная конференция со школой молодых учёных, 11–14 октября 2021 — СПб.: ФТИ им. А.Ф. Иоффе, 2021. —с. 172, 38 ил)

  • III объединенный научный форум физиологов, биохимиков и молекулярных биологов, Сочи, Дагомыс, 3–8 октября 2021

1. А.В. Кропотов, В.А. Куликова, Л.В. Соловьева, М.П. Светлова, А.П. Якимов, К.Б. Нериновский, Ю.С. Судницына, С.П. Гамбарян, А.А. Никифоров. Метаболизм никотинамидрибозида – нуклеозидной формы витамина B3 – в клетках человека и животных (Научные труды III объединенного научного форума физиологов, биохимиков и молекулярных биологов (Сочи, Дагомыс, 3–8 октября 2021). 2021. Том 2, Стр. 220) 

2. Антипова М.В, Куликова В.А, Светлова М.П, Нериновский К.Б, Якимов А.П, Никифоров А.А. Эффективность различных путей биосинтеза NAD в эмбриональных стволовых клетках мыши Е14 в плюрипотентном и дифференцированном состоянии (Научные труды III объединенного научного форума физиологов, биохимиков и молекулярных биологов (Сочи, Дагомыс, 3–8 октября 2021). 2021. Том 2, Стр. 267)

  • Российский микробиологический конгресс, Псков, 26 сен. – 1 окт. 2021

Антонова Д. А., Ничипоренко А. С., Усатых А. А., Якунина М. В. (Antonova D.A., Nichiporenko A.S., Usatykh A.A., Yakunina M.V.) Перераспределение ДНК бактерии Pseudomonas аeruginosa в клетке во время инфекции бактериофагом phiKZ 3-й 

 

2020

  • XXI Зимняя молодежная школа ПИЯФ по биофизике и молекулярной биологии. Тезисы докладов Молодежной конференции, Гатчина, 24 - 29 февраля 2020

1. Колчина Н.В., Якимов А.П., Петухов М.Г., РАЗРАБОТКА НОВОГО ПОДХОДА КОНСТРУИРОВАНИЯ ЛИГАНДОВ БЕЛКОВ С ПОМОЩЬЮ МОДИФИЦИРОВАННОГО МЕТОДА МОЛЕКУЛЯРНЫХ ФРАГМЕНТОВ

2. Якимов А.П., Шабалин К.А., Нериновский К.Б., УТОЧНЕНИЕ ЗНАЧЕНИЙ ВРЕМЕН РЕЛАКСАЦИИ T1 В ЯМР-ПРИЛОЖЕНИЯХ МЕТАБОЛОМИКИ

3. Якушева А.В., Кроптов А.В., Нериновский К.Б., Якимов А.П., Никифоров А.А., Куликова В.А., ПОТЕНЦИАЛЬНАЯ РОЛЬ ПИРОФОСФАТАЗЫ ЧЕЛОВЕКА NUDT13 В РЕГУЛЯЦИИ МИТОХОНДРИАЛЬНОГО ПУЛА NAD

4. Алексеев А.А., Сердаков М.Д., Побегалов Г.Е., Бахланова И.В., Байтин Д.М., Ходорковский М.А, «Конформационные переходы филамента RecA Deinococcus Radiodurans в ходе гидролиза АТФ»

5. Белоусова В.В., Курдюмова И.В., Якунина М.В., СОСТОЯНИЕ БАКТЕРИАЛЬНОЙ ДНК В ХОДЕ ИНФЕКЦИИ КЛЕТОК БАКТЕРИОФАГОМ φКZ

  • International Symposium of Experts "Regenerative medicine and ageing", Dubai, UAE, Feb 1‐3, 2020

Petukhov M. Global view at structural motifs of short peptide binding to double-stranded DNA, an all-against-all analysis 

  • VII Молодёжная школа-конференция ИНЦ РАН, Санкт-Петербург, 12 - 15 октября 2020

Н.А. Румянцева, А.Д. Ведяйкин, И.Е. Вишняков, «Новые данные о регуляции деления при SOS-ответе в Escherichia coli»

  • Международная конференция ФизикА.СПб, Санкт-Петербург, 19 - 23 октября 2020

Н.А. Румянцева, А.Д. Ведяйкин, И.Е. Вишняков, М.А. Ходорковский, «Визуализация внутриклеточных структур бактерий при помощи экспансионной микроскопии»

  • Гены & Клетки XV

М.М. Орехова, В.В. Белоусова, Н.Е. Морозова, И.Е. Вишняков, М.В. Якунина;  Регуляция ранней Транскрипции у гигантского бактериофага phiKZ (Гены & Клетки XV, №3, Приложение, 2020, стр 195)

  • International Workshop Navigation and Motion Control, 16-20 September 2019, Ladoga Lake, Russian Federation

1. A.N. Sergeenko, O.N. Granichin and M.V. Yakunina, Hamiltonian path problem: the performance comparison deoxyribonucleic acid computing and the branch-and-bound method (Journal of Physics: Conference Series, Volume 1536)

2. Danilova, Y., Yakunina, M., Moiseenko, A., Belousova, V., Vishnyakov, I., & Sokolova, O, Electron Tomography Revealed Compact DNA in the Nucleus-like Compartment, Formed in the Bacterial Cell During Infection by the phiKZ Bacteriophage (Microscopy and Microanalysis, 1-4, doi:10.1017/S1431927620020127)

  • 7th International C. difficile Symposium (virtual meeting), Bled, Slovenia, 30.09.2020 – 4.11.2020

Maikova A., Boudry P., Shiriaeva A., Vasileva A., Boutserin A., Medvedeva S., Semenova E., Severinov K and Soutourina O. New functional aspects of Clostridium difficile CRISPR-Cas system

  • VII всероссийский Молодежный научный форум с международным участием «Open Science 2020», 18-20 ноября 2020, Гатчина

Шабалина А.В., Ведяйкин А.Д., Вишняков И.Е. Локализация цитоскелет-подобных белков Mycoplasma gallisepticum

 

2019

  • Международная конференция "Bacterial cell division: Closing the gap", Швеция, г. Лунд, 9-12.06.2019

А.Д. Ведяйкин, Е.В. Пономарева, Я.В. Егорова, А.В. Шабалина, И.Е. Вишняков, "Does FtsZ protein participate in division process in Mollicutes?" 

  • XX Зимняя молодежная школа по биофизике и молекулярной биологии, Санкт-Петербург, 25 февраля - 02 марта 2019

1. Егорова Я.В., Ведяйкин А.Д., Ходорковский М.А, Вишняков И.Е, "Исследование биохимических свойств белка FtsZ микоплазм"

2. Шабалина А. В., Ведяйкин А. Д., Ходорковский М. А., Вишняков И. Е, "Применение транспозонного мутагенеза для флуоресцентного мечения белков Mycoplasma gallisepticum"

3. Резинюк Д.А., Морозова Н.Е., Ширяева А.А., Ходорковский М.А., Северинов К.В. Изучение регуляции системы рестрикции-модификации II типа Esp1396I

4. Знобищева Е.А., Морозова Н.Е., Ходорковский М.А., Северинов К.В. Модификация генома бактериофага Т7 in vivo

  • 23-я Международная Пущинская школы-конференция молодых ученых «БИОЛОГИЯ - НАУКА XXI ВЕКА», Пущино, 15 - 19 апреля 2019

1. Абрамова М.В., Селькова П.А., Мушарова О.С., Федорова Я.В., Северинов К.В., "ИЗУЧЕНИЕ CRISPR CAS9 СИСТЕМЫ ИЗ CLOSTRIDIUM CELLULOLYTICUM"

2. Щеглова Н.В., Колчина Н.В., Васильева А.А., Федорова Я.В., Петухов М.Г., Северинов К.В, "СОЗДАНИЕ CRISPR ASCPF1 БЕЛКА, УЗНАЮЩЕГО АЛЬТЕРНАТИВНЫЕ PAM-ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ"

3. Французова И.В., Арсениев А.Н., Побегалов Г.Е., Федорова Я.В., Северинов К.В, "ИЗУЧЕНИЕ CRISPR CASY СИСТЕМЫ"

4. Казалов М.А., Мешалкина Д.А., Фёдорова Я.В., Северинов К.В, "ИСПОЛЬЗОВАНИЕ CRISPR/CPF1 РНК-БЕЛКОВЫХ КОМПЛЕКСОВ ДЛЯ ИЗМЕНЕНИЯ ГЕНОМА ЭУКАРИОТ"

5. Знобищева Е.А., Морозова Н.Е., Ходорковский М.А., Северинов К.В Редактирование генома бактериофага Т7 с помощью CRISPR-Cas9

  • CRISPR 2019, Квебек, Канада, 17-20 июня 2019

I. Fedorova, G. Pogegalov, A. Arseniev, A. Vasilieva, P. Selkova, O. Musharova, I. Goryanin, D. Artamonova, T. Zubko, S. Shmakov, K. Severinov, Cas9 diversity: characterization of Type IIC PpCas9, CcCas9, DfCas9 and DsCas9 nucleases

  • Международная конференция "EMBO | EMBL Symposium: Seeing is Believing - Imaging the Molecular Processes of Life", Германия, г. Гейдельберг, 9-12 октября 2019 года

А.Д. Ведяйкин, А.В. Шабалина, М.А. Ходорковский, И.Е. Вишняков, "Analysis of localization patterns of some proteins in living cells of Mycoplasma gallisepticum"

  • XLVIII научно-практическая конференция «Неделя науки СПбПУ», Санкт-Петербург, 18-25 ноября 2019 года

Н.А. Румянцева, А.Д. Ведяйкин, И.Е. Вишняков. "SulA способен блокировать деление Escherichia coli при низких концентрациях в клетке"

  • Seeing is Believing. Imaging the Molecular Processes of Life, 9-12 October 2019, Heidelberg, Germany

Morozova N., Kirillov A., Rezinuk D., Polinovskaya V., Smirnov S., Khodorkovskii M., Severinov K., Stochastic variation of expression of type II restriction-modification system determines the outcome of bacteriophage infection

  • Всероссийская конференция с международным участием “Актуальные проблемы клеточной биологии и клеточных технологий”, Санкт-Петербург, 8–11.10.2019

1. А.В. Якушева, А.А. Никифоров, В.А. Куликова, Изучение роли пирофосфатазы человека NUDT13 в регуляции уровня NAD в митохондрии

2. Алексеев А. А., Побегалов Г. Е., Байтин Д. М., Ходорковский М. А., "Механические свойства неактивного филамента RecA на однонитевой ДНК"

  • Международная конференция Физика.СПб, Санкт-Петербург, 22-24 октября 2019

1. Арсениев А. Н. , Побегалов Г. Е. , Северинов К. В.,  Ходорковский М. А., Исследование механизмов ингибирования бактериальной транскрипции на уровне одиночных молекул методом акустической силовой спектроскопии

2. Алексеев А. А., Побегалов Г. Е., Череватенко Г. А., Байтин Д. М., Ходорковский М. А., "Исследование конформационных переходов филамента RecA на однонитевой ДНК в ходе гидролиза АТФ"

3. Н.А. Румянцева, А.Д. Ведяйкин, И.Е. Вишняков, Г.Ю. Фисунов, "Анализ стохастичности экспрессии генов в одиночных клетках Mycoplasma gallisepticum"

4. Знобищева Е. А, Морозова Н.Е., Ходорковский М.А,  Флуоресцентное мечение бактериофага Т7 с помощью CRISPR-Cas

5. Резинюк Д.А., Морозова Н.Е., Ходорковский М.А, Роль белка С в системе рестрикции-модификации II типа

  • 44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, 6‐11.07.2019

1. Kolchina N., Afanasyeva A., Linkova N., Khavinson V., Petukhov M. Investigation of dipeptides binding to double stranded DNA using molecular modeling and docking (FEBS Open Bio, 2019. - Vol. 9 (Supplement 1). - pp. 215)

2. A. Arseniev, G. Pobegalov, O. Musharova, I. Fedorova, M. Khodorkovskii, Manganese­dependent Cas9 ortholog from Defluviimonas sp.

3. P. Selkova, M. Abramova, I. Goryanin, T. Zubko, J. Piskunova, I. Fedorova, M. Khodorkovskii, CRISPR Cas9 system from Clostridium cellulolyticum

4. A. Vasileva, O. Musharova, G. Pobegalov, D. Artamonova, I. Fedorova, M. Khodorkovskii, Pasteurella pneumotropica and Demequina sediminicola Cas9 orthologs characterization

  • Всероссийская конференция с международным участием «Актуальные проблемы клеточной биологии и клеточных технологий», 8–11.10.2019

1. Якимов А.П., Байтин Д.М., Петухов М.Г. Ингибирование активности ДНК-связывающих белков альфа-спиральными пептидами (Гены и клетки. - Vol. 14. - pp. 72)

2. А.В. Якушева, А.А. Никифоров, В.А. Куликова, Изучение роли пирофосфатазы человека NUDT13 в регуляции уровня NAD в митохондрии (Гены и Клетки,Том XIV, №3, 2019, стр 56)

 

2018

  • VIII Международная школа молодых учёных по молекулярной генетике «ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ И МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МЕХАНИЗМЫ ФУНКЦИОНИРОВАНИЯ ЖИВЫХ СИСТЕМ», 19-23.11.2018

Орехова М.М., Якунина М.В., Механизм узнавания промотора невирионной РНК-полимеразой бактеирофага phiKZ

  • Неделя науки СПбПУ, Санкт-Петербург, 19-24.11.2018

1. Егорова Я.В., Ведяйкин А.Д., Ходорковский М.А., Вишняков И.Е., Исследование полимеризации и ГТФазной активности белка FtsZ

2. Шабалина А.В., Ведяйкин А.Д., Ходорковский М.А., Вишняков И.Е. Эндогенное флуоресцентное мечение белков микоплазм при помощи транспозонного мутагенеза

3. А.А. Алексеев, Г.А. Череватенко, Г.Е. Побегалов, Д.М. Байтин, М.А. Ходорковский, Влияние силы на динамику филаментов RecA-ДНК в присутствии АДФ

  • V международная конференция “Постгеном’2018”, Казань, Россия, 29.10-02.11.2018

Ведяйкин А.Д., Вишняков И.Е., Пономарёва Е.В., Фисунов Г.Ю. Анализ экспрессии генов в одиночных клетках Mycoplasma gallisepticum при помощи флуоресцентной микроскопии

  • ФизикА.СПб/2018, Санкт-Петербург, Россия, 23-25.10.2018

1. Смирнов С. В., Морозова Н. Е., Ходорковский М. А., Северинов К. В., Использование флуоресцентной микроскопии в изучении влияния концентрации белков системы Esp1396I на степень защиты от бактериофага

2. Ведяйкин А.Д., Дробышева А.В., Вишняков И.Е., Ходорковский М.А., Локализационная микроскопия структур, формируемых белком FtsZ в живых клетках Mycoplasma gallisepticum

  • 6th International C. difficile Symposium, Bled, Slovenia, 12–14.09.2018

Maikova A., Semenova E., Severinov K., Soutourina O., The CRISPR-Cas system of Clostridium difficile: function and regulation

  • 8th International Meeting on Antimicrobial Peptides, Edinburgh, UK, 02-04.09.2018

Tatyana Zyubko, YuliaPiskunova, Svetlana Dubiley, Marina Serebryakova, Leah B. Bushin, Tatyana Artamonova, Mikhail Metelev, Mohammad R. Seyedsayamdost, and Konstantin Severinov, The novel lasso-peptide pseudomycoidin from Bacillus sp. synthesized in branched-cyclic form

  • 35th European Peptide Symposium, Dublin, Ireland, 26-31.08.2018

Tatyana Zyubko, Yulia Piskunova, Svetlana Dubiley, Marina Serebryakova, Leah B. Bushin, Tatyana Artamonova, Mikhail Metelev, Mohammad R. Seyedsayamdost, and Konstantin Severinov, The novel lasso peptide pseudomycoidin can be matured in vivo with only one specific processing enzyme

  • FEBS Congress, Prague, Czech Republic, 7-12.07.2017

1. Bakhmet, E; Nazarov, I; Vorobyeva, N; Artamonova, T; Khodorkovskii, M; Tomilin, A, Significance of poly(C)-binding proteins for pluripotent stem cells

2. Orekhova, M; Artamonova, T; Yakunina, M; Khodorkovskii, M, The unique mechanism of promoter binding by phiKZ phage non-virion RNA-polymerase

  • CRISPR2018, Vilnius, Lithuania, 20-23.06.2018

Anna Shiriaeva, Ekaterina Savitskaya, Kirill Datsenko, Irina Vvedenskaya, Bryce Nickels, Ekaterina Semenova, Konstantin Severinov, In vivo detection of primed adaptation intermediates in Escherichia coli

  • VI Молодёжная конференция по молекулярной и клеточной биологии Института цитологии РАН, 25–27.04.2018

1. С.В. Смирнов, Н.Е. Морозова, М.А. Ходорковский, К.В. Северинов, Влияние отношения концентраций белков систамы рестрикции-модификации II типа в клетках E. coli на эффективность защиты от бактериофага

2. Полиновская В.С., Ведяйкин А.Д., Дробышева А.В., Иванов В.А., Вишняков И.Е, Поиск белков-партнеров белка деления FtsZ в клетках Mycoplasma gallisepticum и Acholeplasma laidlawii

  • XXV Российский национальный конгресс «Человек и лекарство», Москва, Россия, 09-12.04.2018

Колчина Н.В., Линькова Н.С., Хавинсон В.Х., Петухов М.Г., Конструирование коротких пептидов для cвязывания с двунитевой ДНК в классической B-форме

  • International Symposium of Experts: Effective current approaches in anti-aging medicine and gerontology, Stockholm, Sweden, 13-14.04.2018

Kolchina N., Linkova N., Petukhov M., Systematic search for structural motifs of short peptides binding to double-stranded DNA

  • VI молодежная конференция по молекулярной и клеточной биологии, Санкт-Петербург, Россия, 25-27.04.218

Куликова В. А., Кропотов А. В., Нериновский К. Б., Якимов А. П., Шабалин К. А., Светлова М. П.,1 Соловьева Л. В.,1 Никифоров А. А., Механизм транспорта нуклеозидов NR и NAR в клетки человека

  • Зимняя молодежная школа ПИЯФ по биофизике и молекулярной биологии, Санкт-Петербург, Россия, 17-22.02.2018

Куликова В.А., Соловьева Л.В., Панченко А.В., Шабалин К.А., Нериновский К.Б., Якимов А.П., Светлова М.П., Ходорковский М.А., Никифоров А.А., Анализ фармакодинамических эффектов различных предшественников NAD у мышей при помощи спектроскопии ЯМР

 

2017

  • 2nd International Caparica Conference in Antibiotic Resistance, 12-15.06.2017

M. Metelev, D. Ghilarov, I. Utkina, D.Y. Travin, K. Severinov, Ribosomally encoded and posttranslationaly modified peptides with antibacterial activities and species specificity of their action

  • SKOLTECH & MIT CONFERENCE “SHAPING THE FUTURE: BIG DATA, BIOMEDICINE AND FRONTIER TECHNOLOGIES”, Moscow, Russia, 25-26.04.2017

Fedorova I, Zetsche B, Severinov K, Zhang F, Cpf1: multiplex gene editing

  • 29th RNA Polymerase Workshop, Newcastle University, UK, 6-7.04.2017

Maria Sokolova, A non-canonical multisubunit RNA polymerase encoded by the AR9 phage recognizes the template strand of its uracil-containing promoters

  • 22nd Structural Biology Symposium, Sealy Center for Structural Biology and Molecular Biophysics Symposium, The University of Texas Medical Branch, USA, 06.05.2017

Maria Sokolova, Transcription Strategy of a Giant Bacteriophage AR9 and Characterization of Its Non-Canonical Multisubunit RNA Polymerase

  • FASEB конференция “Механизм и Регуляция Транскрипции Прокариот”, Сакстонс Ривер, Вермонт, США, 25-30.06.2017

Maria Sokolova, Transcription Strategy of a Giant Bacteriophage AR9 and Characterization of Its Non-Canonical Multisubunit RNA Polymerase

  • FASEB SRC “NAD Metabolism & Signaling”, New Orleans, USA, 09-14.07.2017

V. Kulikova, K. Shabalin, K. Nerinovski, M. Svetlova, L. Solovjeva, D. Firsanov, C. Dölle, M. Niere, M. R. VanLinden, M. Migaud, M. Ziegler, and A. Nikiforov, Cellular uptake and release of NAD precursors

  • VII Российский симпозиум "Белки и пептиды", Москва, Россия, 18-22.09.2017

Колчина Н.В., Афанасьева А.С., Салль Т.С., Линькова Н.С., Петухов М.Г., Хавинсон Х.В., Анализ взаимодействий дипептидов с двунитевой ДНК

  • Molecular Simulation Studies in Materials and Biological Sciences, Saint-Petersburg.Russia, 07-10.09.2017

Yakimov A., Pobegalov G., Bakhlanova I., Khodorkovskii M., Baitin D., Petukhov M., Design of stable α-helical peptides for biotechnology and medicine

  • Future of Biomedicine 2017, Vladivostok, Russia, 11-14.09.2017

Yakimov A., Pobegalov G., Bakhlanova I., Khodorkovskii M., Petukhov M., Baitin D., Design of stable α-helical peptides for biotechnology and medicine

  • FEBS Congress 2017, Jerusalem, Israel, 10-14.09.2017

1. M. Svetlova, L. Solovjeva, D. Firsanov, K. Shabalin, K. Nerinovski, V. Kulikova, M. Khodorkovskiy, P. Redpath, M. Migaud, M. Ziegler, and A. Nikiforov, The potential of various extracellular NAD precursors to maintain the synthesis of intracellular NAD in cultivated human cells

2. V. Kulikova, L. Onopa, M. Svetlova, L. Solovjeva, D. Firsanov, K. Shabalin, K. Nerinovski, P. Redpath, M. E. Migaud, M. Ziegler, and A. Nikiforov, Mechanism of nicotinamide riboside and nicotinic acid riboside import into human cells

3. Vishnyakov I., Vedyaykin A., Khodorkovskii M., Borchsenius S. The identification of a protein involved in formation of cytoskeleton-like structures in Mycoplasma gallisepticum cells

  • Waksman Annual Retreat, Rutgers University, NJ, USA, 12.09.2017

Shiriaeva A., Savitskaya E., Semenova E., Datsenko K.A., Severinov K., RecBC influences CRISPR Adaptation in the Type I-E CRISPR-Cas System of Escherichia coli

  • 4th International School and Conference «Saint-Petersburg OPEN 2017», Санкт-Петербург, Россия, 3-6 апреля 2017

E.V. Ponomareva, I.E. Vishnyakov, N.E. Morozova, V.S. Polinovskaya, M.A. Khodorkovskii, A.D. Vedyaykin, Super-resolution microscopy of living bacterial cells

  • Вторая российская конференция с международным участием «Физика — наукам о жизни», Санкт-Петербург, Россия, 18–22.09.2017

А.Д. Ведяйкин, В.С. Полиновская, И.Е. Вишняков, М.А. Ходорковский. Субдифракционная микроскопия структур, формируемых белками FtsZ микоплазм

  • Международная молодежная конференция ФизикА.СПб 2017, Санкт-Петербург, Россия, 24-26.10.2017

Полиновская В.С., Ведяйкин А.Д., Вишняков И.Е., Ходорковский М.А. Cубдифракционная микроскопия клеток микоплазм

  • National Congress of the French Society for Microbiology, Paris, France, 9-11.10.2017

A. Maikova, E. Semenova, K. Severinov, O. Soutourina, The CRISPR-Cas system of Clostridium difficile: function and regulation

  • II-ая международная конференция «Исследования лекарственных препаратов: простые и сложные задачи», Ярославль, Россия, 19-20.10.2017

Биянова Д.А., Никитина А.А., Григорьев А.В., Сидорова А.А., Хромато-масс-спектрометрическое определение аторвастатина в составе многокомпонентных лекарственных форм в рамках клинических исследований

1. Iaroshenko D.V, Piven A.V., Grigoriev A.V., Sidorova A.A, LC-MS/MS method for simultaneous determination of fingolimod (FTY720) and fingolimod phosphate (FTY720-P) in human blood

2. Nikitina A.A., Grigoriev A.V., Sidorova A.A., The methods for determination of drug combinations in human plasma by LC-MS/MS

 

2016

  • 21st Congress of the International Organization for Mycoplasmology, Brisbane, Australia, 03-07.07.2016

Innokentii E. Vishnyakov, Alexey D. Vedyaykin, Anton V. Sabantsev, Sergey N. Borchsenius, Localization microscopy of Mollicutes

  • Systems Biology and Bioinformatics (SBBI’2016), St.-Petersburg, Russia, 30.06-02.07.2016

1. Afanasyeva A. S., Izmailov S. A., Petukhov M. G. AQUABRIDGE – a novel approach for molecular modelling of structural water in protein active sites

2. Yakimov A., Khodorkovskii M., Baitin D., Petukhov M. Improved version of SEQOPT, the method for de novo design of stable alpha-helices

3. Morozova N., Sabantsev A., Bogdanova E., Fedorova Y., Maykova A., Vedyaykin A., Khodorkovskiy M., Severinov K., Study of effect of gene expression variations on phage infection probability in E.coli cells with a type II restriction-modification system

1. A. Shiriaeva, E. Savitskaya, K. Severinov, An interplay between DNA double-strand break repair and CRISPR-Cas machinery

2. O. Musharova, E. Savitskaya, K. Severinov, Investigation of DNA-binding specificity of Cas1-Cas2 CRISPR-adaptation complex in Escherichia coli

3. A. Strotskaia, E. Savitskaya, N. Morozva, E. Semenova, A. Metlytskaya, K. Severinov, Effects of targeting by Esherichia coli I-E CRISPR-Cas system on infection by different phages

  • 11th International Conference on Protein Stabilisation (ProtStab2016), Istanbul, Turkey, 9-11.05.2016

Alexander Yakimov, Georgii Pobegalov, Irina Bakhlanova, Mikhail Khodorkovskii, Dmitrii Baitin, Michael Petukhov, «Inhibition of RecA Protein Activities By A Conformationally Stable Alpha-Helical Peptide With Optimized Sequence»

  • 20-я международная Пущинская школа-конференция «Биология — наука XXI века», Пущино, Россия, 18-22.04.2016

1. Живкопляс Э.К., Артамонова Т.О., Якунина М.В., Северинов К.В., Две полимезары одного фага: изучение особенностей вРНКП phiKZ

2. Слащева М.И., Соколова М.Л., Северинов К.В., Транскрипционная стратегия бактериофага ar9, кодирующего неканонические мультисубъединичные РНК-полимеразы

  • Школа-конференция с международным участием «3rd International School and Conference Saint-Petersburg OPEN 2016», Санкт-Петербург, Россия, 28-30.03.2016

1. A Vedyaykin, A Sabantsev, I Vishnyakov, N Morozova, V, M Khodorkovskii, «3D super-resolution microscopy of bacterial division machinery»

2. G Pobegalov, A Alekseev, G Cherevatenko, M Khodorkovskii, D Baitin, «Single-molecule insights into dissociation of RecA filaments from duplex DNA by RecX»

  • 50-я зимняя молодежная школа по биофизике и молекулярной биологии Петербургского Института Ядерной Физики НИЦ КИ, Рощино, Россия, 29.02-05.03.2016

1. Уткина И.Л. , Метелев М.В., Т.О. Артамонова, Д.А. Гиляров, М.А. Ходорковский, К.В. Северинов, Идентификация нового антибактериального тиазол-оксазол модифицированного пептидаиз Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae

2. Н.Е. Морозова, А.В. Сабанцев, Е.С. Богданова, Я.В. Фёдорова, А.С. Майкова, А.Д. Ведяйкин, М.А. Ходорковский, К.В. Северинов, Изучение процессов появления и накопления белков системы рестрикции-модификации II типа Esp1396I после её внесения в бактериальную клетку с использованием флуоресцентной микроскопии

3. Э.К. Живкопляс, Т.О. Артамонова, М.В. Якунина, Исследование вирионной РНК-полимеразы бактериофага phiKZ

  • 28-я Зимняя молодёжная научная школа «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии», Москва, Россия, 8-11.02.2016

И.Л. Уткина, М.В. Метелев, Т.О. Артамонова, Д.А. Гиляров, М.А. Ходорковский, К.В. Северинов, Характеристика нового антибактериального тиазол-оксазол модифицированного пептида из Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae

 

2015

Lavysh D., Sokolova M., Severinov K, «Transcription strategy of bacteriophage AR9»

  • Форум с международным участием «Неделя науки СПбПУ 2015», Санкт-Петербург, Россия, 30.11 - 5.12.2015

И.Л. Уткина, М.В. Метелев, «Идентификация нового антибактериального тиазол-оксазол модифицированного пептида из K. Pneumoniae»

  • II Всероссийская конференция «Внутриклеточная сигнализация, транспорт, цитоскелет», Санкт-Петербург, Россия, 20-22.10.2015

1. В.А. Куликова, К.А. Шабалин, А.П. Якимов, К.Б. Нериновский, М. Циглер, А.А. Никифоров, «NAD и его ключевые метаболиты: механизмы образования и взаимодействия внутри- и внеклеточных пулов»

2. А.П. Якимов, В.А. Куликова, К.Б. Нериновский, А.А. Никифоров, К.А. Шабалин. «Разработка методики для измерения количества внеклеточного NAD и его метаболитов методом ЯМР»

  • EMBO|EMBL Symposium: New Approaches and Concepts in Microbiology, Heidelberg, Germany, 11-14.10.2015

Morozova N. «Study of a Type II Restriction-Modification system at the single-cell level using fluorescence microscopy»

  • Future of Biomedicine 2015 Conference FEFU School of Biomedicine, Владивосток, Россия, 2-7.09.2015

Andrey L. Konevega «The ribosome: energetics of translocation and target of antibiotics»

  • FASEB SRC «NAD Metabolism & Signaling», Timmendorfer Strand, Germany, 9-14.08.2015

Nikiforov A., Kulikova V., Shabalin K., Nerinovski K., Dölle C., Niere M., Yakimov A., Redpath P., Khodorkovskiy M., Migaud M., and Ziegler M. «Generation, release and uptake of the NAD precursor nicotinic acid riboside by human cells»

Savitskaya E., Semenova E, Vorontsova D., Medvedeva S., Logacheva M., Severinov K. «Autoimmune primed CRISPR adaptation in I-E and I-F systems: comparative analysis of new spacer selection mechanisms»

1. Chervyakova D.B., Lebedev D.V., Afanasyeva A.S., Khodorkovsky M.A., Isaev-Ivanov V.V., Petukhov M.G., «TIP49a protein forms active rod-like structures in solution»

2. Afanasyeva A., Grigoriev M., Petukhov M., «The structural basis of the TIP49a/b dodecamerization»

3. V. Kulikova, K. Shabalin, A. Yakimov, K. Nerinovski, A. Nikiforov, M. Ziegler, «Degradation of extracellular NAD and its metabolites in cultures of human cells»

4. D. Vinogradova, E. Maksimova, A. Paleskava, S. Kirillov, N. Soboleva, V. Makhno, V. Katunin, A. Konevega, «Molecular mechanism of decoding of tRNAs with extended anticodon»

5. Alexey Shvetsov, Pavel Kasatsky, Fedor Zatylkin, Marina Polyakova, Alfred Antson, Andrey Konevega. «Molecular mechanism of tRNA interactions with dihydrouridine synthases»

6. Maksimova E., KasatskyP., MakhnoV., Osterman I., Rodnina M.V., Dontsova O.A., Sergiev P.V., Konevega A.L., «Inhibition of translation elongation by antibiotic amicoumacin A»

  • CRISPR Conference 2015, New York, USA, 18-20.06.2015

1. K. Severinov «Coupling of primed CRISPR adaptation with CRISPR interference»

2. E. Savitskaya «Deep CRISPR spacer profiling revealed E.coli spacer composition similarity between mammoth and contemporary animal microbiotas»

  • 19-я Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых «Биология – наука XXI века», Пущино, Россия, 20-24.04.2015

1. Харченко В.Д., Никифоров А.А., Куликова В.А., «Изучение роли белков NUDT12 и NUDT13 в регуляции уровня NAD в клетках человека»

2. Ф.А. Затылкин, П.С. Касацкий, А.Л. Коневега. «Механизм взаимодействия дигидроуридинсинтаз c тРНК»

  • XXII Российский национальный конгресс «Человек и лекарство», Москва, Россия, 6-10.04.2015

Афанасьева А.С., Григорьев М.Ю., Петухов М.Г. «Влияние ДНК на динамику литической воды в ДНК зависимых АТФазах семейства TIP49»

  • 2nd International School and Conference on Optoelectronics, Photonics, Engeneering and Nanostructures, Санкт-Петербург, Россия, 6-8.04.2015

VV Gorbunov, AD Vedyaykin, IE Vishnyakov, GE Pobegalov, AS Melnikov, PYu Serdobintsedv, AV Sabantsev, «Dual color localization microscopy of FtsZ and DNA in Escherichia coli»

Georgii Pobegalov, Alexandr Alekseev, Anton Sabantsev, Alexey Melnikov, Mikhail Khodorkovskiy, Dmitry Baitin «Real-Time RecA Filament Disassembly in the Presence of RecX Monitored using Single-Molecule Manipulation by Optical Tweezers»

 

2014

  • Международная конференция «Неделя науки 2014», Санкт-Петербург, Россия, 1-6.12.2014

1. В.Д. Харченко, А.А. Никифоров, В.А. Ливинская, «Создание векторов для сверхэкспрессии белков NUDT12 и NUDT13 в клетках человека и в бактериальных клетках»

2. Алексеев А.А., Макулова А.А., Арсениев А. Н., Байтин Д.М., Ходорковский М.А., Побегалов Г.Е. «Изучение динамики изменения длины ДНК на одномолекулярном уровне методом оптического захвата»

  • XVII Всероссийский симпозиум «Структура и функции клеточного ядра», Санкт-Петербург, Россия, 28-30.10.2014

В.А.Ливинcкая, К.А.Шабалин, К.Б.Нериновский, М.А.Ходорковский, М.Циглер, А.А.Никифоров «Рибозиды никотинамида и никотиновой кислоты – ключевые метаболиты путей биосинтеза NAD в клетках человека»

1. G. Pobegalov, A. Alekseev, A. Sabantsev, M. Petukhov, M. Khodorkovskiy & M. Grigoriev «DNA binding by Pontin visualized at the single-molecule level using the Dendra2-Pontin fusion protein»

2. Arina Afanasyeva, Mikhail Grigoriev, Michael Petukhov «Double-stranded DNA affects dynamics of lytic water molecules in the catalytic sites of TIP49a/b hexamers»

  • Bangalore Microscopy Course 2014, Bangalore, India, 21-28.09.2014

N E Morozova, Y V Fedorova, E S Bogdanova, A D Vedyaikin, N N Konstantinova, A V Sabantsev, M A Khodorkovskiy, K V Severinov, «An assay for the study of Type II restriction-modification system in E. coli at the single-cell level»

  • Первая международная научная конференция «Наука будущего», Санкт-Петербург, Россия, 17-20.09.2014

Maria Yakunina, Leonid Minakhin, Tatyana Artamonova, Maria Sokolova, Mikhail Khodorkovskiy, Konstantin Severinov «Non-canonical multisubunit RNA polymerases encoded by the phiKZ phage»

  • Extremophiles - 2014, Saint-Petersburg, Russia, 07-11.09.2014

1. Maria Yakunina, Anna Lopatina, Leonid Minakhin, Konstantin Severinov «A unique RNA polymerase encoded by Thermus phage P23-45»

2. Lopatina A., Kapustin M., Severinov K., «Variation of CRISPR types and spacers’ diversity in Thermus bacteria from distant hot springs»

Arina Afanasyeva, Sergey Izmailov, Michael Petukhov, «The use of new molecular modelling method for investigation of structural water»

  • FEBS EMBO 2014 Conference, Paris, France, 30.08-04.09.2014

1. Veronika Livinskaya, Konstantin Shabalin, Kirill Nerinovski, Christian Dölle, Marc Niere, Mikhail Khodorkovskiy, Mathias Ziegler, Andrey Nikiforov «Vitamin B3-derived ribosides are authentic intermediates of human NAD metabolism»

2. Andrey Nikiforov, Veronika Livinskaya, Konstantin Shabalin, Kirill Nerinovski, Christian Doelle, Marc Niere, Mikhail Khodorkovskiy, Mathias Ziegler «Generation, release and uptake of the NAD precursor nicotinic acid riboside by human cells»

  • FEBS Young Scientists' Forum, Paris, France, 27-30.08.2014

Arina Afanasyeva, Mikhail Grigoriev, Michael Petukhov, «Mechanisms of DNA stretching in complexes with TIP49A/B proteins»

  • Total Transcription - 2014, Cambridge, UK, 01-05.09.2014

1. Maria Yakunina, Leonid Minakhin, Tatyana Artamonova, Maria Sokolova, Mikhail Khodorkovskiy, Konstantin Severinov «Unusual multisubunit RNA polymerases encoded by the PhiKZ phage»

2. Maria Sokolova, Daria Lavysh, Maria Yakunina, Mikhail Khodorkovskiy, Konstantin Severinov «Unusual RNA polymerases encoded by the PBS1 phage»

  • Mathematical Virology 2014, York, UK, 18-22.08.2014

Evgeny Klimuk, Konstantin Severinov «Characterization of novel transcription anti-activation mechanism through proteolytic cleavage of core RNA polymerase subunit in bacteriophage-infected Pseudomonas aeruginosa» 

  • Viruses of microbes: Structure and function, frommole cule to communities, Zurich, Switzerland, 14-18.07.2014

Lopatina, A., Kapustin, M., Severinov, K., «Diversity of CRISPR cassettes of Thermus from distant hot springs»

  • Symposium: DNA Habitats and its RNA Inhabitants, Salzburg, Austria, 03-05.07.2014

Fedorova Y.V., Datsenko K.A., Savitskaya E., Sabantsev A.V., Morozova N.E., Semenova E., Severinov K. «CRISPR-Cas function at conditions of self-targeting»

  • 22nd International Symposium Nanostructures: Physics and Technology, St. Petersburg, Russia, 23-27.06.2014

G. Pobegalov, A. Sabantsev, M. Grigoriev, M. Khodorkovskiy, приглашенный доклад «Single molecule studies of DNA-protein interactions»

К.В. Северинов, «Эндолизины бактериофагов: перспективы нового класса антимикробных препаратов»

  • 3rd European CRISPR meeting «CRISPR 2014», Berlin, Germany, 14-16.05.2014

1. Semenova E., Datsenko K., Savitskaya E., Sabantsev A., Fedorova Y., Strotskaja A., Nenarokova A., Musharova O., Severinov K. «Use of auto-primed spacer acquisition to study CRISPR adaptation in Escherichia coli»

2. Savitskaya E., Shmakov S., Semenova E., Datsenko K., Severinov K. «Pervasive generation of oppositely-oriented spavers during CRISPR adaptation»

3. Semenova E., Datsenko K., Savitskaya E., Sabantsev A., Fedorova Y., Severinov K. «Autoprimed spacer aquisition in E.coli cells»

  • XXI Российский национальный конгресс «Человек и лекарство» 2014, Москва, Россия, 7-11.04.2014

А.С. Афанасьева, М.Г. Петухов «Новый метод поиска белков, способных связываться с одинаковыми лигандами»

  • III Всероссийский конгресс молодых ученых, ВКМУ ИТМО 2014, Санкт-Петербург, Россия, 8-11.04.2014

А.С. Афанасьева, С.А. Измайлов, М.Г. Петухов «Исследование молекулярных механизмов гидратации лигандов в АТФазах человека методами молекулярного моделирования и молекулярной динамики»

  • 1st International School and Conference on Optoelectronics, Photonics, Engineering and Nanostructures, St. Petersburg, Russia, 25-27.03.2014

1. A.A. Alekseev, A.N. Arseniev, A.V. Sabantsev, G.E. Pobegalov, A.S. Melnikov, M.A. Khodorkovskiy, постер «Dynamics of GelRed intercalation into double-stranded DNA at the singlemolecule level»

2. A.D. Vedyaykin, A.V. Sabantsev, I.E. Vishnyakov, Y.V. Fedorova, A.S. Melnikov, P.Yu. Serdobintsev, постер «Localization microscopy study of FtsZ structures in E. coli cells during SOSresponse»

3. G.E. Pobegalov, A.N. Arseniev, Y.V. Fedorova, M.L. Sokolova, M.G. Petukhov, E. Käs, M.A. Khodorkovskiy and M.Grigoriev, постер «Single-molecule studies of DNA-binding ATPase Pontin using optical tweezers»

 

2013

  • Международная научно-практическая конференция «XLII НЕДЕЛЯ НАУКИ СПбГПУ», Санкт-Петербургский государственный политехнический университет, Санкт-Петербург, Россия, 02–07.12.2013

Приём иногородних участников конференции с целью демонстрации возможностей центра

  • Н.Е. Морозова, А.Д. Ведяйкин, А.В. Сабанцев, Я.В. Федорова, М.В. Якунина, К.В. Северинов, доклад «Изучение механизма преодоления бактериофагом системы рестрикции-модификации»

К. Северинов, приглашенный доклад «Адаптивный иммунитет бактерий»

Ведяйкин А.Д., Морозова Н.Е., Сабанцев А.В., Побегалов Г.Е., Арсениев А.Н., доклад «Формирование тубулярных структур из мембраны клеток человека с помощью установки "Лазерный пинцет"»

  • Всероссийский симпозиум по биологии клетки в культуре, Институт цитологии РАН, Санкт-Петербург, Россия, 21-23.10.2013

1. В.А. Ливинcкая, М.А. Ходорковский, М. Циглер, А.А. Никифоров, доклад «Изучение механизмов образования и взаимодействия внутри- и внеклеточных пулов ключевых NAD-метаболитов»

2. Н.Е. Морозова, А.Д. Ведяйкин, Г.Е. Побегалов, С.В. Мурашов, А.С. Мельников, М.А. Ходорковский, А.В. Сабанцев, постер «Формирование мембранных тубулярных структур из клеток линии HepG2 при помощи оптической ловушки. Всероссийский симпозиум по биологии клетки в культуре»

  • 5rd Bangalore microscopy course, National Centre for Biological Sciences, Bangalore, India, 8-15.09.2013

A. Arseniev

  • EMBO Conference - Helicases and nucleic acid translocases, Robinson College, Cambridge, UK, 4-8.08.2013

G. Pobegalov, A. Sabantsev, A. Arseniev, Y. Fedorova, M. Sokolova, A. Melnikov, M. Petukhov, E. Käs, M. Khodorkovskiy and M. Grigoriev, постер «TIP49a/dsDNA transactions at the single-molecule level visualized in real time using optical tweezers»

  • 2013 FASEB SRC «NAD Metabolism & Signaling», Itasca, USA, 14-19.07.2013

Nikiforov A., Livinskaya V., Dölle C., Niere M., Khodorkovskiy M. and Ziegler M., доклад «Nicotinamideriboside (NR) and nicotinic acid riboside (NAR) homeostasis in humans: potential mechanism of intracellular generation and release from cells»

  • 38th FEBS Congress, Saint Petersburg, Russia, 6-11.07.2013

1. V. Livinskaya, A. Afanasyeva, C. Dölle, M. Niere, M. Khodorkovskiy, M. Ziegler and A. Nikiforov, постер «Potential role of cytosolic 5’-nucleotidases in human NAD metabolism»

2. M. Yakunina, D. Vorontsova, T. Artamonova, M. Khodorkovskiy, K. Severinov, L. Minakhin, постер «Two non-canonical RNA polymerases encoded by phiKZ-like giant phages»

3. A. Sabantsev, I. Vishnyakov, A. Vedyaykin, G. Pobegalov, S. Borchsenius, M. Khodorkovskiy, постер «Study of structures formed by FtsZ in Escherichia coli and Mycoplasma hominis cells»

4. G. Pobegalov, A. Arseniev, A. Sabantsev, Y. Fedorova, M. Sokolova, A. Melnikov, M. Petukhov, E. Käs, M. Grigoriev and M. Khodorkovskiy, постер «Single-molecule studies of dsDNA properties using optical tweezers»

5. M. Petukhov, A. Ilatovskiy, T. Artamonova, A. Afanasieva, A. Yakimov, M. Khodorkovskiy, E. Käs, M. Grigoriev, постер «Dynamics of the dsDNA/TIP49a hexameric complexes»

6. A. Afanasyeva, A. Hirtreiter, A. Schreiber, M. Sokolova, D. Grohmann, A. R. McKay, M. Khodorkovskiy, I. Tsaneva, M. Petukhov, F. Werner and M. Grigoriev, постер «Mechanism of ATP hydrolysis by the archeal TIP49 AAA+ protein»

7. D. Lebedev, M. Sokolova, J. Fedorova J., D. Chervyakova, S. Landa, M. Petukhov, M. Khodorkovskii, постер «Supramolecular structures formed by TIP49A protein in vitro»

8. A. Yakimov, G. Rychkov, M. Petukhov, постер «SeqOPT: web based server for rational design of conformationally stable alpha-helices in monomeric peptides and globular proteins»

9. A. Sitnikova, T. Starkova, T. Artamonova, V. Karpenko, A. Polyanichko, E. Chikhirzhina, E. Kostyleva, A. Tomilin, постер «Application of mass spectrometry to the characterization of post-translational modifications of chromosomal proteins»

A. Arseniev, G. Pobegalov, A. Sabantsev, Y. Fedorova, M. Sokolova, A. Melnikov, M. Petukhov, E. Käs, M. Grigoriev and M. Khodorkovskiy, доклад «DNA-protein interactions at the single-molecule level using optical tweezers»

А.Н. Арсениев, Г.Е. Побегалов, А.В. Сабанцев, Я.В. Федорова, М.Л. Соколова, А.С. Мельников, М.А. Ходорковский, доклад «Применение лазерного пинцета для перерастяжения молекулы ДНК в одномолекулярных исследованиях»

  • Молодежная научная конференция «Студенты и молодые ученые инновационной России», Санкт-Петербургский государственный политехнический университет, Санкт-Петербург, Россия, 23–24.05.2013

1. В.А. Ливинская, А.А. Никифоров, доклад «5’-нуклеотидазы человека CN - II и CN - III дефосфорилируют мононуклеотиды NMN и NAMN invitro»

2. Д.Н. Воронцова, М.В. Якунина, М.А. Ходорковский, доклад «Предполагаемая вирионная РНК-полимераза бактериофага phiKZ»

  • III Всероссийская научная конференция студентов и аспирантов с международным участием «МОЛОДАЯ ФАРМАЦИЯ – ПОТЕНЦИАЛ БУДУЩЕГО», Санкт-Петербургская государственная химико-фармацевтическая академия, Санкт-Петербург, Россия, 25–26.04.2013

М.В. Якунина, Д.Н. Воронцова, доклад «Развитие инфекции патогенных бактерий Pseudomonas aeruginosa бактериофагом phiKZ»

  • 17-я Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых «БИОЛОГИЯ – НАУКА ХХI ВЕКА», Пущинский научный центр РАН, Пущино, Московская область, Россия, 22–26.04.2013

А.В. Сабанцев, А.Д. Ведяйкин, Г.Е. Побегалов, М.А. Ходорковский, С.Н. Борхсениус, И.Е. Вишняков, «Исследование надмолекулярных белковых структур, формируемых в клетках микоплазм, методом локализационной микроскопии»

 

2012

  • Международная научно-практическая конференция «XLI НЕДЕЛЯ НАУКИ СПбГПУ», Санкт-Петербургский государственный политехнический университет, Санкт-Петербург, Россия, 03–08.12.2012

Приём иногородних участников конференции с целью демонстрации возможностей центра.

  • Международная конференция молодых ученых «Экспериментальная и теоретическая биофизика '12», Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, Пущино (Московская область), Россия, 22–24.10.2012

1. А.С. Афанасьева, Е.Д. Руденко, А.В. Сабанцев, Г.Е. Побегалов, А.В. Илатовский, М.Г. Петухов, «Исследование механизмов растяжения ДНК и комплексов ДНК-TIP49 с помощью молекулярного моделирования и молекулярной динамики в периодическом водном боксе»

2. А.Н. Арсениев, Г.Е. Побегалов, А.В. Сабанцев, Я.В. Федорова, М.Л. Соколова, А.С. Мельников, М.А. Ходорковский, «Применение оптических ловушек для одномолекулярных исследований взаимодействий ДНК с белками и различными агентами»

  • First International Workshop on Pontin (RUVBL1) and Reptin (RUVBL2), European Institute for Chemistry and Biology, Bordeaux, France, 17–19.10.2012

1. G. Pobegalov, A. Sabantsev, A. Arsenyev, Y. Fedorova, M. Sokolova, A. Melnikov, M. Petukhov, E. Käs, M. Grigoriev, M. Khodorkovskiy, постерный доклад «Pontin and Reptin: DNA-protein interactions at the single-molecule level using optical tweezers»

2. A. Sabantsev, G. Pobegalov, A. Arsenyev, A. Melnikov, M. Khodorkovskii, постерный доклад «Three-dimensional cross-correlation tracking of DIC bead images for optical trapping»

3. A. Ilatovskiy, A. Afanasieva, A. Yakimov, M. Khodorkovskiy, E. Käs, M. Grigoriev, M. Petukhov, постерный доклад «dsDNA docking in the central channel of the TIP49a hexamer ring structure: conformational flexibility studies using molecular dynamics simulations»

4. M. Petukhov, A.Dagkessamanskaja, M. Bommer, B. Barrett, I. Tsaneva, A. Yakimov, R. Queval, A. Shvetsov, M. Khodorkovskiy, E. Käs, M. Grigoriev,устный доклад «Large-Scale Conformational Flexibility Determines the Properties of AAA+ TIP49 ATPases»

Г.Е. Побегалов, А.В. Сабанцев, Я.В. Федорова, М.Л. Соколова, А.С. Мельников, М.А. Ходорковский, доклад «Одномолекулярные исследования ДНК-белковых взаимодействий методом оптической ловушки»

  • Всероссийская научно-методическая конференция «Фундаментальные исследования и инновации в национальных исследовательских университетах», Санкт-Петербургский государственный политехнический университет, Санкт-Петербург, Россия, 17–18.05.2012

Ходорковский М.А., Пленарный доклад «Фундаментальные исследования биологических систем, проводимые в НИИ «НаноБио» ОНТИ СПбГПУ»

 

2011

Международная научно-практическая конференция «XL НЕДЕЛЯ НАУКИ СПбГПУ», Санкт-Петербургский государственный политехнический университет, Санкт-Петербург, Россия, 05–10.12.2011

1. Приём иногородних участников конференции с целью демонстрации возможностей центра.

2. Афанасьев П.В., Сабанцев А.В., Ходорковский М.А., Дагкессаманская А.Р., Lane D., Григорьев М.Ю., доклад «Разработка методики для исследования ДНК-связывающих белков на одномолекулярном уровне с помощью магнитной ловушки»

  • 3rd Bangalore microscopy course, National Centre for Biological Sciences, Bangalore, India, 18–25.09.2011

A.V. Sabantsev, «Single-molecule localization microscopy on optical trapping set-up»

  • Всероссийская научная конференция студентов и аспирантов с международным участием «Молодая фармация – потенциал будущего», Санкт-Петербургская государственная химико-фармацевтическая академия, Санкт-Петербург, Россия, 20–21.04.2011

П.В. Афанасьев, А.В. Сабанцев, А.Р. Дагкессаманская, D. Lane, М.Ю. Григорьев , М.А. Ходорковский, доклад «Разработка магнитной ловушки для исследования белков SopB, TIP49a, TIP49b»